A fossa armazena resíduos orgânicos, por isso a necessidade de se fazer manutenção regularmente, evitando o mau cheiro, insetos e possíveis doenças causadas pelo acumulo desses resíduos. Além de evitar entupimentos e gastos excessivos com restauração de tubulação ou troca de peças por desgaste. A limpeza da fossa varia de acordo com o tipo de resíduo, é feito com veículo adaptado, possibilitando o seu correto descarte.